Favicon для сайта на GitHub Pages

Просто бросить иконку в “корень” репозитория не получится, т.к. в действительности, это не корень сайта и браузер не подхватит ее.

Например: https://github.com/olexsyn/e-note/, где корень - github.com/.

Поэтому, лучше указать ее расположение на страницах или в шаблоне:

<link href="/e-note/favicon.ico" rel="shortcut icon" type="image/png">

тут у меня favicon.ico в реальности - файл .png, поэтому - image/png

см. больше на /html/favicon/